In einer fernen Zukunft haben die Menschen den Weltraum besiedelt und eine Reihe von neuen Nationen und Staatenverbünden gebildet. Zu ihnen gehören zum einen die Allianz, zum anderen die Syndikatwelten. Während die Allianz demokratischen Maximen folgt, werden die Syndikatwelten – eine Union von Planeten – von einer tyrannischen, firmenartigen Regierung geführt.
Zwischen der Allianz und den Syndikatwelten, deren Bewohner auch Syndiks genannt werden, herrscht seit 100 Jahren ein erbitterter Krieg. Mit einem Hypernet-Schlüssel, den die Allianz von einem Syndik-Verräter bekommen hat, gelang es der Allianz eine Flotte durch ein Hypernet-Portal tief ins Feindesland zu bringen. Ihr Ziel ist es, einen vernichtenden Schlag geben die Heimatwelt des Syndikats zu führen, doch das Ganze stellt sich als Falle heraus. Ein Großteil der Allianzflotte wird vernichtet, der Rest befindet sich fortan auf der Flucht vor seinen Verfolgern.
Held der Geschichte ist John „Black Jack“ Geary. Jedes Schulkind kennt Captain Gearys legendäre Taten. Nach seinem heldenhaften „letzten Gefecht“ zu Anfang des Krieges wird er vermisst und gilt als gefallen, doch hat Geary wie durch ein Wunder im Überlebenskälteschlaf überlebt. 100 Jahre nach seinem Verschwinden wird seine Rettungskapsel von der Allianzflotte geborgen und Geary aus dem Kälteschlaf aufgeweckt. Als der Admiral der Flotte von den Syndiks gefangen genommen wird, übernimmt Black Jack Geary widerstrebend den Befehl über die Flotte der Allianz.